M.Sc. en Ingeniería Nuclear tiene una fuerte orientación investigativa y se realiza en las instalaciones y laboratorios de la unidad bajo la supervisión de profesores de la UNE. En la UNE se cubre una amplia variedad de temas de investigación, que incluyen la física del reactor nuclear, el transporte de neutrones, el ciclo del combustible nuclear, las estrategias de no proliferación, las aplicaciones de la radiación en medicina, los instrumentos nucleares para radioterapia, las simulaciones Monte Carlo de partículas cargadas, el blindaje contra la radiación y el desarrollo de detectores de radiación.